مهارت های لازم برای تحلیل داده های بیان ژن Microarray & RNA-seq
یکی از تکنیک های پیشرفته و بسیار کاربردی که در بیان ژن مورد استفاده قرار می گیرد تکنیک های مربوط به میکرو اری می باشد که با اسفاده از چیپ های آماده و تکنیک های مرسوم انجام می گردد و در این راستا برای انجام یک مطالعه ی تخصصی مبتنی بر تکنیک های و نرم افزارهای مدرن بیوانفورماتیکی نیازمند مهارت هایی می باشد که در این جا به صورت خلاصه وار ذکر گردیده است
مفاهیم آماری مرتبط با آنالیز بیان ژن
انواع خطا، p-value، آزمونهای t، آزمون Z
• آشنایی با محیط نرم افزاری R، نحوه نصب پکیجها بر روی R، آموزش وارد کردن داده ها به R و نحوه گرفتن داده ها
• آموزش محاسبات آماری در R، آشنایی با برخی پکیجهای مرتبط مثل limma
• آنالیز داده های میکرواری، نحوه آنالیز داده های موجود در GEO و کشیدن نمودارهای مربوط مانند heatmap
• آشنایی مقدماتی با لینوکس و بایو لینوکس
• آشنایی با آنالیز داده های توالی یابی RNAseq، آموزش پکیج های و ابزار های مرتبط
• آموزش آنالیز RNAseq با وب سرور Galaxy
• غنی سازی ژنی
• آموزش Cytoscape
• رسم و تحلیل شبکه های هم بیانی
منبع: آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
