ابزارهای بیوانفورماتیکی برای تحلیل شبکه ها و واکنشها، مسیر ها و آنزیم ها

KEGG

لینک دسترسی : http://www.genome.ad.jp/kegg

نقشه ی مسیرها؛ کاتالوگ های ملکولی، نقشه های ژنوم و کاتالوگ های ژن که اطلاعاتی را به ما در زمینه ی واکنش های بین ملکولی در قالب مسیر های واکنشی می دهند.،KEGG از چندین پایگاه داده بهره می برد. نظیر BRITE ، LIGAND ، PATHWAY . KEGG ابزاری جدید برای تحلیل مسیر های متابولیکی می باشد.

DAVID Bioinformatic Resources

لینک دسترسی : http://david.abcc.ncifcrf.gov/home.jsp

پایگاه داده ای برای تفسیر، تصویر سازی، اکتشاف ترکیبی، DAVID مجموعه ای از ابزار های تفسیری برای عملکرد و همچنین شناخت مفهوم های زیستی پشت لیست های طویل ژنی را در خود گنجانده است .

Cytoscape

لینک دسترسی : http://www.cytoscape.org

Cytoscape پلتفورمی برای تصویر سازی که برای شبکه های واکنشی و داده های تراکنش های شیمیایی مورد استفاده قرار می گیرد، و می تواند برای سایر اطلاعات نظیر، بیان یک ژن نیز مورد استفاده قرار بگیرد، ورودی های داده ی Cytoscape شامل لیستی از ورودی های واکنش های شیمیایی می باشد. که می تواند شامل Mrna های بیانی باشد. گر ه های شبکه های واکنشی، می تواند با استفاده از تفسیر های GO فیلتر شود و همچنین بر اساس تعداد واکنش ها مورد فیلتر داده ها قرار بگیرد.

مرکز آموزش بیوانفورماتیک نصر