انتخاب هدف دارویی با استفاده از بیوانفورماتیک

جدا سازی و شناسایی آزمایشگاهی ، جدا سازی و خالص سازی

در اولین قدم، می بایست ،بافت هدف، مورد شناسایی قرار گرفته ،جدا سازی گردیده و مورد خالص سازی قرار گیرد .، در این راستا، ملکول بایست بتواند، به عنوان موجودیت واحد، تمامی، خصوصیات مورد نظر را به عنوان هدف دارا باشد.

توالی یابی پروتئین و مدل سازی ساختار سه بعدی

در پروسه ی طراخی دارو، توالی یابی دقیق یک پروتئین و همچنین شبیه سازی، دقیق ساختار سه بعدی از طریق پیشگویی با استفاده از نرم افزارهای بیوانفورماتیکی و تحلیل های آزمایشگاهی به دست آمده با استفاده از تکنیک های NMR و X-RAY می تواند مورد استفاده این فرایند در تحلیل پروتئین مورد نظر قرار گیرد .

بررسی صحت اطلاعات عملکرد و ساختار

در این قسمت از فرایند طراحی دارو، پژوهشگر با استفاده از تحلیل ها و تفسیرهای آزمایشگاهی و محاسباتی، اطلاعاتی را در حوزه ی عملکرد و ساختار به دست خواهد آورد، که این اطلاعات می بایست، با روش های اعتبار سنجی و روش های مرسوم آزمایشگاهی، مورد استناد علمی و تایید قرار گیرند. این فرایند ، قسمت مهم ،شناختی و مرحله ی نسبتا زمان بر در پروسه ی شروع فعالیت محسوب می گردد.

شناسایی دامین های فعال و جستجوی هومولوژی محل عملکرد

پس از بررسی ساختاری و عملکردی، یافتن جایگاه های فعال و جستجو ی هومولوژی در توالی و ساختار، بخشی است که می بایست، به دقت انجام گردد ،چرا که نقطه ای استراتژیک برای تبیین اهداف مهندسی یک سیستم محسوب می گردد.

انتخاب فیلوژنی و نام گذاری پروتئین

در فرایند، شناختی پروتئین ،چالش پیش روی کاربر این خواهد بود، که پفیلوژنی مربوط به پروتئین را ترسیم و نقش تغییرات محیطی و استرسها را در طول زمان، بر تغییرات تکاملی پروتئین مورد نظر مورد بررسی قرار دهیم. و در این حوزه ، می توان، با شناخت دقیق تغییرات، در حوزه ی زمان، پروتئین های احتمالی در گونه های هومولوگ و هترولوگ را به عنوان دارو، در سیستم بیولوژیک جدید، کاربردی ساخت . اما نکته ای که بعد از ترسیم، داده ها اهمیت دارد ،نام گذاری پروتئین بر اساس خانواده ی پروتئینی و همچنین، کد های آزمایشگاهی ، جهت ثبت اسناد علمی به صورت مقاله و صنعتی حائز اهمیت می باشد.

بررسی اطلاعات اولیه فعال سازی در محیط موجود زنده و در لوله ی آزمایش

بعد از طی کردن فرایند شناختی، می بایست، با انجام الگوریتم های آزمایشگاهی، بررسی های لازم، برای فعال بودن، پروتئین مورد نظر، به شکل نوترکیب و صحت بیان آن مورد سنجش قرار گیرد، تا کاربر بتواند، بر مبنای داده های عملی، تصمیم گیری های لازم را برای توسعه ی طراحی، بر مبنای ملکول مورد نظر انجام دهد یا خیر.

تفسیر داده های آزمایشگاهی

1. پیش گویی ساختار دو بعدی :

2. خصوصیات ساختار سه بعدی

3. مقایسه ی ساختارهای سه بعدی

4. پیش گویی ساختارهای سه بعدی

5. بازیابی و مشاهده ی ساختار سه بعدی

6. تفسیر و پیش گویی عملکرد

7. تفسیر خصوصیات بیوشیمیایی

8. شناسایی دامین و موتیف

9. محل یابی و هدف یابی

10. دینامیک ملکولی و بررسی اتصالات سخت با سایر ملکولها

11. شبکه ها و واکنشها ، مسیر ها و آنزیم ها

12. ترسیم ساختار فیلوژنی

13. بیان پروتئینی

14. تفسیر داده های پروتئومیکس

15. مقایسه ی توالی

16. خصوصیات توالی

17. بازیابی توالی

18. پیش گویی واکنش های میان پروتئین – پروتئین

مرکز آموزش بیوانفورماتیک نصر