اصطلاحات رایج در ساختار پروتئینها
یکی از چالش های پیش روی مطالعه و تحقیق در زمینه ی پروتئینها ، اصطلاحات رایج و توضیحات فنی است که معمولا همراه آن ارائه می شود. در این مقاله از سری مقالات کوتاه مرکز آموزش بیوانفورماتیک نصر به مطالعه ی این اصطلاحات و تعاریف فنی خواهیم پرداخت.
ستون فقرات (backbone) و باقی‌مانده (residue): پروتئینها ترکیب خطی 20 ساید آمینه هستند. اسید آمینه‌ها ویژگی‌های ساختاری مشترکی دارند، از جمله وجود یک کربن آلفا که یک گروه آمینو، یک گروه کربکسیل و یک زنجیره جانبی متغیر به آن متصل اند. هنگامی‌که اسید آمینه‌ها به‌هم متصل می شوند و زنجیره پروتئین را تشکیل می‌دهند، به هر یک از آن‌ها یک باقی‌مانده و به سری متصل اتم‌های کربن، نیتروژن و اکسیژن زنجیره اصلی یا ستون فقرات پروتئین گفته می شود.
ساختار اول (primary structure): به توالی اسید آمینه‌ها ساختار اول پروتئین گفته می شود.
ساختار دوم (secondary structure): ساختارهای محلی تکراری که توسط پیوندهای ئیدروژنی پایدار می شوند. رایج ترین آن ها، مارپیچ آلفا و صفحه بتا است.
ساختار سوم (tertiary structure) یا فولد (fold): شکل کلی یک مولکول پروتئین. در واقع ساختار سوم، موقعیت فضائی ساختارهای دوم نسبت به‌هم است. ساختار سوم توسط تعاملات غیر محلی و تشکیل هسته آب‌گریز، پل‌های نمکی، پیوندهای دی‌سولفاتی و تغییرات پس از ترجمه ایجاد می شود.
ساختار چهارم (quaternary structure): شکلی که از تعاملات چند مولکول پروتئین حاصل می شود. ساختار چهارم به عنوان بخشی از کمپلکس پروتئینی عمل می‌کند.
خط سیر تا شدن (folding pathway): به توالی وقایعی که برای تا شدن پروتئین طی می شود، اطلاق می‌گردد.
صورت‌بندی (conformation) و تغییرات صورت‌بندی (conformational changes): پروتئینها مولکول‌های انعطاف‌پذیری هستند و هنگام انجام وظیفه بیولوژیکی، ممکن است میان چندین ساختار تغییر شکل دهند. به این ساختارها صورت‌بندی و به انتقال میان این حالات تغییرات صورت‌بندی گفته می شود.
