با ایجاد تغییراتی در تکنیک PCR، زمینه های کاربرد وسیعی ایجاد شده است. بعضی از انواع PCR بطور خلاصه بشرح زیر است:
Allele-specific PCR
بمنظور بررسی تغییر در فقط یک نوکلئوتید (single-nucleotide polymorphisms) در تشخیص بیماریها و کلونینگ DNA بکار میرود.
Assembly PCR
یک روش آزمایشگاهی برای سنتز مولکولهای DNAی بزرگ است. بدین منظور از الیگونوکلئوتیدهایی استفاده میشود که همپوشانی دارند.
Asymmetric PCR
در این روش فقط یکی از دو رشته DNA تکثیر میشود. پلی نوکلئوتیدهای حاصل بمنظور تعیین توالی یا تولید شاخص های دو رگه مورد استفاده قرار میگیرند.
Helicase-dependent amplification
در این تکنیک برای جدا کردن دو رشته DNA، بجای حرارت از آنزیم هلیکاز (DNA Helicase) استفاده میشود.
Hot-start PCR
برای جلوگیری از تکثیر DNAهای ناخواسته مخصوصا در مراحل اولیه PCR استفاده میشود. بدین منظور قبل از افزودن پلیمراز، دمای محلول به نقطه ذوب (مثلا ۹۵ درجه) رسانده میشود.
Intersequence-specific PCR
برای انگشت نگاری DNA از طریق تکثیر مناطق بین سکانسهای تکراری بکار میرود.
Inverse PCR
کاربرد این تکنیک زمانی است که فقط یک سکانس داخلی شناسایی شده است.
Ligation-mediated PCR
در این روش از DNAهای رابط کوچک (small DNA linkers) که به DNAی مورد نظر متصل شده اند، استفاده میشود. کاربرد این روش در تعیین توالی DNA (DNA sequencing)، genome walking و DNA footprinting است.
Methylation-specific PCR
این تکنیک توسط Stephen Baylin وJim Herman در دانشکده پزشکی دانشگاه جان هاپکینز ابداع شده است و بمنظور بررسی متیلاسیون در قطعات CpG (CpG islands) در DNAی ژنومیک بکار میرود.
Miniprimer PCR
در این روش از یک نوع پلیمراز جدید بنام(S-Tbr) استفاده میشود که قادر است به پرایمرهای کوچک ۹ یا ۱۰ نوکلئوتیدی(smalligos) متصل شود. در حالیکه Taq به پرایمرهای بزرگتری متصل میشود که حدود ۲۰ نوکلئوتید دارند. بنابر این با استفاده از S-Tbr، پرایمرهای کوچکتری را میتوان طراحی کرد
Quantitative PCR
این تکنیک برای بررسی وجود DNA، cDNA یا RNA و همچنین تعیین غلظت آنها یکار میرود. یکی از شاخه های مهم این تکنیک Quantitative real-time PCR است که از نظر صحت (accuracy) در بالاترین سطح قرار دارد و در آزمایشگاه های تشخیص بالینی کاربرد وسیعی یافته است. در روش Q-PCR برای تعیین غلظت DNA از رنگهای فلورسانس (نظیر Sybr Green) یا شاخصهای DNAی فلورسانس (نظیر TaqMan) استفاده میشود.
RT-PCR
این نوع از PCR بمنظور شناسایی، استخراج یا تکثیر RNA از نمونه های سلول یا بافت مورد استفاده قرار میگیرد. در این تکنیک از ترانس کریپتاز معکوس (reverse transcriptase) برای تبدیل RNA به cDNA استفاده میشود.
TAIL-PCR
برای جداسازی سکانس های ناشناخته ای بکار میرود که متصل به یک سکانس شناخته شده اند.
Touchdown PCR
یک نوع تغییر یافته از PCR است که موجب کاهش اثرات زمینه ای و غیر اختصاصی میشود. در این روش برنامه PCR به گونه ای طراحی میگردد که در طی سیکل های متوالی، بتدریج دمای مرحله اتصال (Annealing step) کاهش می یابد. بدین ترتیب که در سیکل های ابتدائی، دما در حدود ۳ الی ۵ درجه بالاتر از Tm پرایمر و در سیکلهای انتهایی در حدود ۳ تا ۵ درجه پائینتر از Tm پرایمر تنظیم میشود.
PAN-AC
در این تکنیک، سلولهای زنده مورد مطالعه قرار میگیرند. به همین دلیل تکثیر DNA در دمای ثابت انجام میشود.