برای خوانش صحیح توالی دی ان ای می بایست با ساختار و زیر واحدهای آن آشنا بشویم. همانند پروتئین که ۲۰ آمینو اسید مختلف تشکیل شده است ،رشته ی دی ان ای نیز از چهار زیر واحد با ساختارهای متفاوت تشکیل شده اند. اما این چهار زیر واحد در طول زنجیره ی دو رشته ای دی ان ای به صورت دو تایی با یکدیگر جفت می شود و همچنین . تمامی رشته های دی ان ای دارای دو انتهای ساختاری مشابه هستند. انتهای ۵ پرایم فسفریل و ۳ پرایم هیدروکسیل که با توجه به موقعیتشان در ملکول قند دئوکسی ریبوز که بخشی از زنجیره ی نوکلئوتیدی می باشد نام گذاری شده اند. در شکل زیر ساختارهای این چهار نوکلئوتید به صورت آزاد به نمایش در آمده است
بعد از متصل شدن این نوکلئوتیدها،رشته ی دی ان ای حاصل یک گروه فسفریل آزاد در انتهای ۵ پرایم و یک گروه هیدروکسیل آزاد در انتهای ۳ پرایم دارد. این پایانه های ملکولی به ترتیب انتهای ۵ پرایم و ۳ پرایم رشته ی دی ان ای نامیده می شود.
همیشه یک توالی دی ان ای در مقالات و مستندات علمی به صورت ردیفی از نوکلئوتیدهای تشکیل دهنده نشان داده می شود که از انتهای ۵ پرایم و به ۳ پرایم فهرست شده اند. به صورت مثال توالی زیر
ATCGC= 5′ Adenosin-Thymine-Cytosine-Guanine-Cytosine 3′