یکی از چالش های پیش روی طراحی و مهندسی سازه های زیستی،دستیابی به داده های پروتئینی و اطلاعات مرتبط با آن است که در این مقاله از مقالات آموزش مرکز آموزش بیوانفورماتیک نصر به معرفی چند پایگاه داده پردازی و نگه داری اطلاعات پروتئین معتبر خواهیم پرداخت.
Pfam
لینک دسترسی : http://pfam.sanger.ac.uk
Pfam یک پایگاه داده از خانواده ها و دامین های پروتئینی می باشد. پایگاه های داده با استفاده از HMMER3 آخرین نسخه ی پکیج مدل سازی هیدن مارکوو می باشد. Pfam نسخه ی 24 شامل 11912 خانواده ی پروتئینی می باشد.
SCOP
لینک دسترسی : http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop
طبقه بندی ساختاری پروتئینی، پایگاه داده ای که با استفاده از ترکیب بازرسی های دستی و متود های خودکار ایجاد گردیده است.مرتب سازی جامع و فراگیر کلیه ی ساختارهای پروتئین بسته به رابطه ی تکاملی و ساختاری این پایگاه داده را شکل داده است.
SYFPEITHI
لینک دسترسی : http://www.syfpeithi.de
SYFPEITHI یک پایگاه داده ی مقایسه ای شامل 7000 توالی پپتیدی شناخته شده می باشد که به کلاس های ملکولی یک و دو متصل می شود. ورودی های از منابع منتشر شده کامپایل و مورد استفاده قرار می گیرند. این پایگاه داده می تواند به عنوان منبعی برای پیشگویی ایمنی زایی توالی پپتیدی داده شده مورد استفاده قرار گیرد.