برای اجرای یک پروژه ی دینامیک ملکولی و درک ساز و کار و فرایندهای رخ داده ی محاسباتی و ساختاری و عملکردی در شبیه سازی ملکولی نیازمند مهارت هایی می باشیم که با مطالعه و درک این مهارتها خواهیم توانست یک پروژه ی استاندارد و موفق را گزارش کنیم
مقدمه ای بر دینامیک مولکولی و بیان کاربرد های آن در علوم مختلف
معرفی و آموزش سیستم عامل لینوکس، اجرای دستورات پر کاربرد لینوکس
آشنایی با مبانی دینامیک مولکولی
اشنایی و معرفی انواع پکیج های شبیه سازی دینامیک مولکولی AMBER، GROMACS، NAMD و ..
آماده سازی فایلهای ورودی (فایل¬های ساختاری pdb و gro) برای استفاده در GROMACS،
آشنایی با محیط نرم افزار GROMACS و بخش های مختلف آن
آشنایی شبیه سازی دینامیک مولکولی پروتئین
آموزش شبیه سازی دینامیک مولکولی پروتئین – لیگاند
تجزیه و تحلیل نتایج حاصل از شبیه سازی دینامیک مولکولی
آموزش نرم افزار کمکی VMD
منبع: آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو