انتخاب هدف دارویی با استفاده از بیوانفورماتیک
جدا سازی و شناسایی آزمایشگاهی ، جدا سازی و خالص سازی
در اولین قدم، می بایست ،بافت هدف، مورد شناسایی قرار گرفته ،جدا سازی گردیده و مورد خالص سازی قرار گیرد .، در این راستا، ملکول بایست بتواند، به عنوان موجودیت واحد، تمامی، خصوصیات مورد نظر را به عنوان هدف دارا باشد.
توالی یابی پروتئین و مدل سازی ساختار سه بعدی
در پروسه ی طراخی دارو، توالی یابی دقیق یک پروتئین و همچنین شبیه سازی، دقیق ساختار سه بعدی از طریق پیشگویی با استفاده از نرم افزارهای بیوانفورماتیکی و تحلیل های آزمایشگاهی به دست آمده با استفاده از تکنیک های NMR و X-RAY می تواند مورد استفاده این فرایند در تحلیل پروتئین مورد نظر قرار گیرد .
بررسی صحت اطلاعات عملکرد و ساختار
در این قسمت از فرایند طراحی دارو، پژوهشگر با استفاده از تحلیل ها و تفسیرهای آزمایشگاهی و محاسباتی، اطلاعاتی را در حوزه ی عملکرد و ساختار به دست خواهد آورد، که این اطلاعات می بایست، با روش های اعتبار سنجی و روش های مرسوم آزمایشگاهی، مورد استناد علمی و تایید قرار گیرند. این فرایند ، قسمت مهم ،شناختی و مرحله ی نسبتا زمان بر در پروسه ی شروع فعالیت محسوب می گردد.
شناسایی دامین های فعال و جستجوی هومولوژی محل عملکرد
پس از بررسی ساختاری و عملکردی، یافتن جایگاه های فعال و جستجو ی هومولوژی در توالی و ساختار، بخشی است که می بایست، به دقت انجام گردد ،چرا که نقطه ای استراتژیک برای تبیین اهداف مهندسی یک سیستم محسوب می گردد.
انتخاب فیلوژنی و نام گذاری پروتئین
در فرایند، شناختی پروتئین ،چالش پیش روی کاربر این خواهد بود، که پفیلوژنی مربوط به پروتئین را ترسیم و نقش تغییرات محیطی و استرسها را در طول زمان، بر تغییرات تکاملی پروتئین مورد نظر مورد بررسی قرار دهیم. و در این حوزه ، می توان، با شناخت دقیق تغییرات، در حوزه ی زمان، پروتئین های احتمالی در گونه های هومولوگ و هترولوگ را به عنوان دارو، در سیستم بیولوژیک جدید، کاربردی ساخت . اما نکته ای که بعد از ترسیم، داده ها اهمیت دارد ،نام گذاری پروتئین بر اساس خانواده ی پروتئینی و همچنین، کد های آزمایشگاهی ، جهت ثبت اسناد علمی به صورت مقاله و صنعتی حائز اهمیت می باشد.
بررسی اطلاعات اولیه فعال سازی در محیط موجود زنده و در لوله ی آزمایش
بعد از طی کردن فرایند شناختی، می بایست، با انجام الگوریتم های آزمایشگاهی، بررسی های لازم، برای فعال بودن، پروتئین مورد نظر، به شکل نوترکیب و صحت بیان آن مورد سنجش قرار گیرد، تا کاربر بتواند، بر مبنای داده های عملی، تصمیم گیری های لازم را برای توسعه ی طراحی، بر مبنای ملکول مورد نظر انجام دهد یا خیر.
تفسیر داده های آزمایشگاهی
-
پیش گویی ساختار دو بعدی :
-
خصوصیات ساختار سه بعدی
-
مقایسه ی ساختارهای سه بعدی
-
پیش گویی ساختارهای سه بعدی
-
بازیابی و مشاهده ی ساختار سه بعدی
-
تفسیر و پیش گویی عملکرد
-
تفسیر خصوصیات بیوشیمیایی
-
شناسایی دامین و موتیف
-
محل یابی و هدف یابی
-
دینامیک ملکولی و بررسی اتصالات سخت با سایر ملکولها
-
شبکه ها و واکنشها ، مسیر ها و آنزیم ها
-
ترسیم ساختار فیلوژنی
-
بیان پروتئینی
-
تفسیر داده های پروتئومیکس
-
مقایسه ی توالی
-
خصوصیات توالی
-
بازیابی توالی
-
پیش گویی واکنش های میان پروتئین – پروتئین
