KEGG
لینک دسترسی: http://www.genome.ad.jp/kegg
این پایگاه داده شامل، نقشه های مسیرهای ملکولی، کاتالوگ های ملکولی، نقشه های ژنی و کاتالوگ های ژنی که شامل داده هایی برای واکنش های ژن با سایر ملکولها و همچنین، اطلاعاتی در مورد مسیرها خواهد بود. KEGG شامل چندین پایگاه داده شامل ، BRITE (واکنش های پروتئین- پروتیئن ) ، PATHWAY شبکه ی واکنش های برای فرایند های سلولی و LIGAND ( ترکیبات شیمیایی و واکنشهای شیمیایی ) می باشد. اطلس KEGG ابزاری برای تحلیل مسیرهای متابولیکی می باشد.
MASCOT “Matrix Science” :
لینک دسترسی: http://www.matrixscience.com
شناسایی پروتئین با استفاده از حجم پپتید، منبعی معتبر، که کد های خود را از MOWSE می گیرد، اما به روش های جستجو ی متعدد و بر روی پایگاه های داده ی متعددی امکان جستجو را می دهد.
Protein Prospector
لینک دسترسی: http://prospector.ucsf.edu
ابزارهای مختلفی برای توالی ها در پایگاه های داده، ایجاد می کند و همچنین امکان دسترسی به داده های آزمایشگاهی مرتبط با Mass Spectrometry را می دهد.