آموزش کار با نرم افزار LasergeneDNASTAR

موسسهDNASTAR یک شرکت جهانی نرم‌افزار با سابقه بیش از 30 سال واقع در مدیسون ویسکانسین ایالت متحده آمریکا است. این شرکت از کشاورزی تا جانورشناسی و از استرالیا تا زیمبابوه به دانشمندان و محققان بسیاری در زمینه زیست‌شناسی مولکولی، ژنتیک، بیوانفورماتیک، زیست‌شناسی ساختاری، پزشکی و غیره در راستای تحقق اهداف تحقیقاتی کمک می کند.
این شرکت توسط دکتر فردبلاتر ، استاد ژنتیک در دانشگاه ویسکانسین در سال 1984 تاسیس شده است. در طی سال‌هایی که توالی‌یابی سانگر انجام می شد با ایجاد نرم افزارهایی برای جمع آوری و تجزیه و تحلیل توالی های DNA و پروتئین به شهرت بالایی دست پیدا کردند.
این شرکت در حالی که همچنان از آنالیز و جمع‌آوری توالی حمایت می کند، طیف وسیعی از برنامه های کاربردی را در زمینه توالی یابینسلبعد توسعه داده است و اخیراً به معرفی نرم‌افزارهایی در زمینه بیولوژیساختاری جهت آنالیز و پیش بینی ساختار می پردازد.
نرم افزارLasergeneDNASTAR شامل تمام برنامه های کاربردی مربوط به حوزه ژنومیکس، بیولوژی مولکولی و بیولوژی ساختاری می باشد. همچنین برای جمع بندی، تجزیه و تحلیل نتایج توالی یابی نسل بعد، تحقیقات بالینی یا آنالیز کلاسیک توالی، مجموعه DNASTAR Lasergene با قابلیت دسترسی آسان در کامپیوترهای خانگی، به شما کمک خواهد کرد.

برای دانلود پکیج کامل این نرم افزار با قابلیت استفاده بر روی نسخه ی ویندوز می توانید از اینجا استفاده کنید.

 

LasergeneDNASTAR
DNASTARیک راه‌کار با قابلیت دسترسی آسان برای انجام کلونینگ مجازی از طریق برنامه SeqBuilder خود می باشد. به‌راحتی توالی های مربوط به وکتور و قطعهدرجی خود را انتخاب می کنید و SeqBuilder به‌صورت اتوماتیک یک کلون مجازی برای شما ایجاد می کند.
از تمام روش های کلونینگ اصلی شامل تکنیک های Gibson Assembly، GeneArt، InFusion، Gateway و Gateway MultiSite، Directional TOPO، TA و کلونینگ با استفاده از آنزیم های برشی، پشتیبانی می‌کند. برای این‌کار وکتورها را از کاتالوگ وکتور موجود در برنامه تهیه کنید یا وکتور ویژه خود را به‌راحتی اضافه کنید. تصویری خلاصه از کلونینگ جدید، به شما این امکان را می دهد که قطعات درجی، پرایمرها، اتصالاتقطعه ، به اضافه مراحل لازم برای تهیه وکتور و تکثیر قطعه را با جزئیات بیشتری بررسی کنید. همچنین SeqBuilder به شما این امکان را می دهد توالی اسید نوکلئیکی یا اسیدآمینه‌ای را ویرایش کنید و موارد مرتبط با آن را به روش های مختلف مشاهده کنید. پنجره های برنامه را می توانید به چند پانل تقسیم کنید و به‌طور هم‌زمان در هر کدام به یک روش، توالی را مشاهده کنید.
SeqBuilder از لینک‌های پویا بین توالی ها و انوتاسیون آن استفاده می کند تا مشخصات آن را بر طبق توالی که ویرایش می کنید به‌روزرسانی کند. قابلیت های دیگر شامل ایجاد توالی مکمل معکوس، ترجمه و برگرداندن ترجمه توالی، شناسایی ORFها، انجام BLAST و جستجوی مستقیم در NCBI می باشد. فایل‌های مربوط به SeqBuilder را می توانید در برنامه‌های دیگر Lasergene باز کنید. ویرایش های انجام‌شده در SeqBuilder، Protean، GeneQuest، PrimerSelect یا MegAlign به‌طور کلی بین این برنامه‌های Lasergene قابل اشتراک خواهد بود.
نحوه کار با SeqBuilder
منوی FILE حاوی دستوراتی برای ایجاد پروژه جدید SeqBuilder، باز کردن پروژه موجود و ذخیره پروژه-ها می باشد. همچنین می توانید توالی ها را از پایگاه داده های آنلاین شامل DNASTAR’s StarBlast و NCBI’s Entrez با استفاده از منوی NET SEARCH یا FILE > Enter Entrez Sequence پیدا کنید. چند راه برای ایجاد یک پروژه SeqBuilder وجود دارد:
1. با انتخاب دستور منوی FILE > Open، توالی های از پیش ذخیره شده را باز کنید. برای باز کردن سندی که اخیرا باز شده می‌توانید از دستور FILE > Recent Documents list استفاده کنید.
2. با باز کردن یک سند خالی با انتخاب FILE > New DNA/New Protein، اطلاعات جدید را تایپ کنید و یا از سندهای دیگر کپی کرده و بچسبانید.
3. برای باز کردن چند فایل به‌طور هم‌زمان به‌صورت اسناد SeqBuilder جداگانه از روش کشیدن و انداختن اطلاعات استفاده کنید. هر توالی به‌صورت یک سند SeqBuilder جداگانه بازخواهد شد.
4. جهت وارد کردن یک توالی از پایگاه اطلاعات NCBI، از طریق شماره دسترسی یا نام جایگاه، دستور FILE > Open Entrez Sequence را اجرا کنید. شما می‌توانید یک متن را در پایگاه اطلاعات با انتخاب NET SEARCH > New Text Search، جست و جو کنید.
5. جهت جست و جوی یک اطلاعات BLAST، برای پیدا کردن توالی های مشابه توالی مورد نظر، توالی را از نتایج BLAST به‌صورت یک سند SeqBuilder، با استفاده از دکمه Create Document باز کنید. شما می توانید از BLAST بعد از بازکردن توالی که مایل به بررسی آن هستید، استفاده کنید.
پنجره سند SeqBuilder
پنجره پیش‌فرض سند SeqBuilder حاوی دو قسمت (یکی بالای دیگری) می باشد. هر قسمت به‌نوبه خود حاوی یک پرده در سمت چپ و یک نمایه در راست می باشد. یک پرده جهت دسترسی آسان حاوی اکثر گزینه های پرکاربرد که ممکن است شما نیاز پیدا کنید، می باشد. نمایه، اطلاعاتی را نشان می دهد که شما با استفاده از گزینه های موجود در پرده، آن‌ها را تغییر داده اید. به‌صورت پیش‌فرض قسمت بالا، توالی و قسمت پایین لیست قطعات موجود در توالی را نشان می دهد. تصویر زیر تنظیمات پیش‌فرض را زمانی که شما یک توالی را در SeqBuilder باز می کنید نشان می دهد.
حالت های نمایش موجود
پوشه Views در قسمت پرده حاوی انواع حالت های نمایش می باشد که با انتخاب هریک از آن ها توالی خود را با حالت های مختلف می توانید مشاهده کنید.
Sequence
جهت نمایش توالی DNA در سطح پایه است. برای توالی DNA، دو رشته DNA، ترجمه ی هر شش حالت خوانش، خط کش ها، و یک ORF را نشان می دهد. شما می توانید با استفاده از سایر گزینه ها؛ مکان‌هایبرشی ، ترجمه هایجزئی و قطعات موجود در نمونه را نمایش دهید. برای توالی های پروتئینی، توالی پروتئینی و یک خط‌کش را نشان می دهد.
Feature List
نمایش
قطعاتی که از قبل در توالی DNA یا پروتئین شناسایی شده اند. در این قسمت اطلاعات اضافی در مورد قسمت مشخصی را ارائه می دهد. در اینجا متن ورودی بانک ژن ظاهر می شود ولی شما می توانید هر گونه اطلاعات خارج از متن را که می‌خواهید وارد کنید.
Linear Map
یک نقشه خطی از توالی DNA نمایش می دهد. در این حالت نمایش، سایت های برشی انتخاب شده، ORFها و قطعات در طول نقشه خطی مشخص می شود. اگر یک قسمت از توالی را در یک پنجره انتخاب کنید؛ نقشهمدور ، Minimap، یا توالی آن در دیگر پنجره ها نیز نمایش داده خواهد شد. برای توالی های پروتئینی از این قسمت برای نمایش استفاده نمی شود.
Circular Map
نقشه مدور از توالی DNA ارائه می دهد. در این قسمت مکان های برشی، ORFها و قطعات در طول نقشه مدور مشخص می شود. برای توالی های پروتئینی از این قسمت برای نمایش استفاده نمی شود.
:Minimap
یک نسخه کوچک‌تر از توالی DNA موجود نشان می دهد. Minimap برای نمایش کل توالی، تنها در یک خط است. در این حالت نمایش، هر سطر محلی است که یک سایت برشی در طول توالی DNA قرار می-گیرد. هم‌چون موارد قبل این قسمت مختص توالی DNA است و برای توالی پروتئینی کاربردی ندارد.
Site Summary
این قسمت کل سایت های برشی و محل آن ها بر روی توالی DNA را به‌صورت یک جدول نمایش می دهد. برای توالی های پروتئینی از این قسمت استفاده نمی کنند.
از سایر گزینه هایی که با انتخاب هریک از حالت های نمایش مشاهده می کنید می توان به موارد زیر اشاره کرد:
• Residues: این گزینه به شما این امکان را می دهد که رشته پایینی در توالی DNA را مخفی یا آشکار کنید (رشته بالایی همیشه آشکار است).
• Enzymes Displayed: (فقط برای توالی DNA) از این قسمت می توانید برای نمایش سایت های برشی موجود یا غایب در توالی استفاده کنید. به‌عنوان مثال اگر به دنبال یک آنزیم برشی مناسب جهت طراحی در انتهای پرایمرهای خود هستید. ابتدا باید با اجرای دستور زیر؛
Highlight sequence>Enzyme display>Filter by selector>Check the absent site
مطمئن شوید که جایگاه برشی این آنزیم ها در توالی ژن درجی شما وجود ندارد. سپس از بین آنزیم‌های غایب در توالی ژن درجی شما، آنزیمی را که در آزمایشگاه تان موجود است و همچنین در مکان MCS وکتور شما وجود دارد انتخاب کنید. برای این‌کار بعد از انتخاب توالی مربوط به وکتور، دستور قبلی را اجرا کرده ولی این بار به جای absent sites، گزینه Unique site را تیک بزنید. شما می توانید فیلتر گزینش را بر اساس سایر ویژگی های سایت برشی آنزیم مثل؛3′ overhang، 5′ overhang، Blunt end، Six cutters و غیره انجام دهید.
Features Displayed
• : در اینجا می توانید قطعات (features) را برای نمایش روی DNA یا پروتئین انتخاب کنید. در این قسمت زیر پوشه ها، برای مرتب کردن قطعات بر اساس حروف الفبا، موقعیت یا نوع آن می باشد. قطعات، انوتاسیون هایی هستند که برای محدوده خاصی از توالی ساخته می شوند. آن ها از پیش توسط بانک ژن یا EMBL تعریف می شوند یا بعداً توسط خود کاربر تغییر داده می شوند. شما می-توانید یک قطعه جدید ایجاد کنید، قطعه های موجود را تغییر دهید یا کلاً آن را از فایل توالی تان حذف کنید. همچنین با کلیک دوتایی روی قطعه و انتخاب FEATURES > Edit Feature Style می‌توانید شکل قطعه را از نظر رنگ، مدل، ضخامت و … تغییر دهید.
• :ORFs (تنها برای توالی DNA) چارچوب های خوانش را به شما نشان می دهد .ORFها به ترتیب رشته بالایی و سپس رشته پایینی نمایش داده می شوند و با جعبه های رنگی و خطوط مشخص شده-اند. ORFs های متعدد می تواند داخل یک خط نشان داده شود و نقاط شروع و پایان داخل جعبه‌های رنگی مربوط به هر ORFs مشخص می شود. با یک کلیک راست بر روی ORF مورد نظرتان می توانید آن را مخفی کرده یا شکل و رنگ آن را تغییر دهید.
• : (فقط برای توالی DNA) با استفاده از این گزینه می توانید هر یک از ترجمه ها را که می خواهید برای نمایش کنار توالی خود و هر ترکیبی از 6 چارچوب خوانش را انتخاب کنید.
• Partial Translations: (فقط برای توالی DNA) به شما این امکان را می دهد که یک ترجمه ناقص از قسمت خاصی از توالی اضافه کنید. جهت افزودن توالی ابتدا قسمت مورد نظر از توالی را انتخاب کنید، سپس روی New Translation کلیک کرده و در نهایت آن را نام گذاری کنید. به این ترتیب SeqBuilder به‌صورت اتوماتیک یک ترجمه به قسمت مورد نظر ما از توالی اضافه خواهد کرد. از سایر گزینه های این پوشه جهت نمایش یا مخفی کردن ترجمه می توانید استفاده کنید.
Full Translation
کار کردن با پروژه های کلونینگ
علاوه بر کلونینگ با استفاده از آنزیم های برشی، SeqBuilder از سه روش کلونینگ رایج Gateway® Cloning، Directional TOPO® Cloning و TA Cloning پشتیبانی می کند. که در اینجا ما رایج ترین نوع آن یعنی کلونینگ با استفاده از آنزیم های برشی را بیشتر توضیح خواهیم داد.
برای شروع پروژه جدید کلونینگ گزینه های FILE>New Cloning Projectرا انتخاب کنید.
با انتخاب FILE>Save Project As می توانید نام پروژه را تغییر دهید. پروژه حاوی سه پوشه Inserts، Vector و Clones می باشد.هنگامی که یک قطعه درجی، وکتور و یا کلون ایجاد می کنید اطلاعات آن در پوشه مناسب مربوطه قرار می گیرد.
افزودن وکتورها به کاتالوگ وکتورهای کلونینگ
وکتورهای موجود برای Gateway® Cloning، Directional TOPO® Cloning و TA Cloning مربوط به پروژه شما و کاتالوگ CloningVectors.sbp می باشند. اگر توالی وکتورتان را ندارید و می خواهید از وکتورهای موجود در کاتالوگ برنامه استفاده کنید، بعد از انتخاب FILE > Open فایل CloningVectors.sbp موجود در
c:\Program Files\DNASTAR\Lasergene folder (win) یا Hard Drive:Applications:DNASTAR:Lasergene folder (mac) را انتخاب کنید تا وکتورهای موجود به لیست وکتور اضافه شود.
کلونینگ با آنزیم های برشی
در این کلونینگ از فعالیت منحصر به فرد آنزیم هایمحدودکنندهسایتویژه استفاده می شود. با استفاده از یک وکتور کلونینگ با سایت های برشی مناسب، قطعه درجی با آنزیم های یکسان مورد هضم قرار می گیرند تا انتهاهایمکمل ایجاد کنند، بنابراین وکتور و قطعه درجی قادرند با کارایی بالایی به هم متصل شوند. این کار در سه مرحله انجام می شود:
1. انتخاب توالی قطعه درجی جهت کلون شدن
2. مشاهده توالی با نمایش برش محدودکننده
3. انتخاب ناحیه مورد نظر با کلیک روی علامت سایت های برشی که آن را احاطه کرده اند.
انتخاب توالی قطعه درجی جهت کلون شدن
توالی را با انتخاب FILE>Open باز کنید. قسمتی از توالی را که می‌خواهید به‌عنوان قطعه درجی استفاده شود را انتخاب کنید. برای این‌کار می توانید از آنزیم های برشی لیست نمایش آنزیم درپرده سمت چپ توالی استفاده کنید. آنزیم مورد استفاده را انتخاب کنید و روی علامت سایت های برشی آنزیم شیفت کلیک کنید تا بین دو سایت برشی آنزیم انتخاب شود. شما حالا یک زیر توالی جهت ادامه کار دارید.
کلونینگ توالی قطعه درجی مورد نظر
بلافاصله بعد از انتخاب توالی وکتور مناسب، می توانید با شناسایی ناحیه ای از وکتور که باید با قطعه درجی جایگزین شود کلونینگ را انجام دهید.
1. روی علامت سایت های برشی اطراف یا روی قطعه درجی کلیک کنید. و گزینه CLONING>Copy Restriction Insert را انتخاب کنید.
2. با انتخاب CLONING>Clone Restriction Insert یک پنجره شامل دو قسمت برای انتهای 5′ قطعه درجی (به نام انتهای چپ) و یکی برای انتهای 3′ قطعه درجی (به نام انتهای راست) ایجاد می شود، همچنین انتهاهای متناظر وکتور مجاور انتهای قطعه درجی در هر پنجره نمایش داده می‌شوند.
بعد از باز شدن پنجره فوق چند حالت ممکن است پیش بیاید:
 اگر وکتور و قطعه درجی با انتهایسازگار ایجاد شوند، دکمه Clone فعال بوده و با کلیک بر روی آن یک کلون ایجاد می شود.
 اگر انتهاها سازگار نباشند، با استفاده از گزینه های Trim Blunt یا Fill آن ها را جهت کلونینگ تغییر دهید. شما می توانید با حرکت دادن فلش های به بالا و پایین توالی، انتهاها را تغییر دهید.
 اگر قطعه درجی قبل از کلونینگ در جهت مکمل معکوس باشد، با تیک زدن گزینه Reverse Complement Insert می توانید آن را با وکتور هماهنگ کنید.
ذخیره پروژه
پیش‌فرض برنامه ایجاد یک سند توالی جدید حاوی کلون در پروژه کلونینگ حاضر یا هر پروژه باز دیگر است. نام سند را می توانید قبل از اجرای عملیات کلونینگ مشخص کنید. اگر ترجیح می دهید به‌جای ایجاد یک کپی، عملیات کلونینگ را روی سند وکتور اصلی اعمال کنید، تیک قسمت Save As Copy را بردارید. برای ذخیره پروژه، گزینه FILE>Save یا FILE>Save As را انتخاب کنید.

برای دانلود پکیج کامل این نرم افزار با قابلیت استفاده بر روی نسخه ی ویندوز می توانید از اینجا استفاده کنید.

 

error: Content is protected !!
X